Bank Pembangunan Daerah Nusa Tenggara Timur mulai melakukan kegiatannya sebagai bank pada tanggal 17Juli 1962 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan dan Bank Sentral No:BUM 9-13/II tanggal 5 Februari 1962 tentang Pemberian Izin Usaha kepada PT. Bank Pembangunan Daerah Nusa Tenggara Timur, dengan kedudukan tempat usaha di Kupang Ibu kota Provinsi Nusa Tenggara Timur.

Pemerintah Propinsi Nusa Tenggara Timur menetapkan perubahan status hukum Bank Pembangunan Daerah Nusa Tenggara Timur dari Perseroan Terbatas menjadi Perusahaan Daerah melalui Peraturan Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur No.01/pd/DPRD-GR/1963 tanggal 12 Maret 1963. Kemudian tanggal 4 Februari 1998, Perseroan kembali merubah bentuk badan hukum dari Perusahaan Daerah kembali menjadi Perseroan Terbatas, dan dibuat Akta Pendirian Perseroan Terbatas Bank Pembangunan Daerah Nusa Tenggara Timur No.122 tanggal 22 April 1999.

Pada tahun 1999, Perseroan menjadi salah satu Bank Pembangunan Daerah yang masuk Program Rekapitalisasi Bank Pembangunan Daerah karena mempunyai Kewajiban Penyediaan Modal Minimum (KPMM) lebih kecil dari 8% (delapan persen). Dalam rangka pelaksanaan hak opsi (call option), tanggal 18 Desember 2003, dilaksanakan Perjanjian Jual Beli Seluruh Saham Negara dan Pelunasan Obligasi Negara Pada PT. Bank Pembangunan Daerah Nusa Tenggara Timur tanggal 30 Juni 2004, Negara Republik Indonesia c.q. Pemerintah Republik Indonesia mengalihkan 46.600 (empat puluh enam ribu enam ratus) saham miliknya dalam Perseroan kepada Pemerintah Propinsi Nusa Tenggara Timur.

Berdasarkan Akta No.73 tanggal, 15 November 2010, Modal Dasar Perseroan mengalami peningkatan dari Rp.500.000.000.000,- (lima ratus miliyar) menjadi Rp.1.000.000.000.000 (1triliun). Sejalan dengan perubahan Modal Dasar, Anggaran Dasar Perseroan juga mengalami perubahan, berdasarkan Pernyataan Rapat Umum Pemegang Saham Luar Biasa No.43 tanggal, 18 Mei 2011.

Dari perubahan badan hukum dan perubahan modal dasar perseroan Bank NTT sebagaimana disampaikan di atas, modal disetor BankNTT (posisi 28 Desember 2012) telah mencapai Rp.578.230.470.000,- (limaratus tujuh puluh delapan milyar dua ratus tiga puluh juta empat ratus tujuh puluh ribu rupiah). Upaya manajemen Bank NTT dalam mengembangkan usaha bank ini mendapatkan dukungan pemegang saham yaitu Pemerintah Provinsi, Kota/Kabupaten se – NTT yang secara konsisten melakukan tambahan setoran modal dan menempatkan dana – dana Pemerintah Daerah di Bank NTT. Sejak tahun 2002 pertumbuhan usaha Bank NTT terus menunjukkan perkembangan yang sangat significant, selain didukung dengan pemberlakuan UU No.32 Tahun 2002 tentang Otonomi Daerah dan dukungan pemegang saham, juga karena manajemen Bank NTT terus melakukan perubahan – perubahan dalam pengelolaan operasional, antara lain; secara sistematis melakukan pelatihan terhadap karyawan/ti pada seluruh jenjang organisasi bank, menerapkan teknologi system informasi secara real-time online pada seluruh kegiatan operasional bank, menyempurnakan system dan prosedur operasional, dan penerapan metode – metode operasional bank yang didasarkan pada prudential banking principles.

Saat ini, Bank NTT terus menunjukkan kinerja gemilang dalam industri perbankan di Indonesia. Selama tahun 2013, Perseroan mencatat berbagai pencapaian penting baik dalam aspek bisnis maupun operasional. Pada bulan Juli 2011, Perseroan menerbitkan obligasi sebesar Rp500 miliar dengan suku bunga tetap yang akan digunakan untuk pendanaan jangka panjang dalam rangka ekspansi Perseroan. Selanjutnya, BankNTT juga berhasil memperoleh predikat Bank Terbaik kategori aset dibawah Rp10triliun dari Majalah Investor dan InfoBank. Selain peningkatan kinerja, Bank NTT juga menjalin kerjasama dengan berbagai pihak guna meningkatkan layanan Perseroan kepada nasabah. Kerjasama yang diadakan oleh Bank NTT antara lain adalah kerjasama APEX Bank menuju Regional Champion dan kerjasama Bank NTT & Jamsostek untuk Bina Pelayanan Publik, kerjasama dengan Kementerian Perumahan Rakyat Republik Indonesia tentang Penyaluran Dana Fasilitas Likuiditas Pembiayaan Perumahan (FLPP), Perjanjian Jasa Pelayanan Perbankan Sebagai Bank Persepsi/Devisa Persepsi Dalam Rangka Pelaksanaan Treasury Single Account (TSA).